A Fábrica da Baleia do Boqueirão localiza-se na extremidade nordeste da vila de Santa Cruz das Flores. A implantação do edifício foi determinada de acordo com a sua finalidade, como ponto de transformação dos cachalotes apanhados na ilha, ficando situada acima do porto do Boqueirão, a cerca de 27 metros de altitude. Trata-se de um edifício que se destaca na paisagem urbana, pela volumetria e pela dimensão da sua chaminé. Está incluído num complexo fabril que inclui a plataforma de desmancho e a rampa de varagem, ambas localizadas na vertente norte do edifício, constituído por quatro corpos retangulares, perpendiculares entre si, e por uma chaminé cilíndrica, que totalizam uma área de cerca de 1850 m2.