Esta etapa faz a ligação entre a freguesia de Santo Amaro (costa Sul) e a Fajã dos Cubres (costa Norte) numa extensão de cerca de 30 km que atravessa as áreas de paisagem protegida das Fajãs do Norte, de gestão de habitats ou espécies do Pico da Esperança e Planalto Central e os geossítios da Cordilheira Vulcânica Central e Fajã dos Cubres. Este percurso desenvolve-se parcialmente pela cordilheira vulcânica central, entre os 800 e os 1000 metros de altitude, sendo aconselhável percorrê-lo em dias de bom tempo e visibilidade.  Saia da freguesia em direção à cordilheira central da ilha, atravessando alguns cones vulcânicos e até atingir a Reserva Florestal de Recreio das Macelas, onde é possível visitar o Miradouro do Canal com vista para o Pico e Faial. Siga a sinalética pela estrada e alguns atalhos até atingir o painel do PR 04 SJO – Pico do Pedro/Fajã do Ouvidor. Daqui irá transpor diversos picos desta cordilheira como o Pico do Pedro, do Carvão, da Junça, Verde e o Morro Pelado. Adiante irá passar o Pico da Esperança, com 1053 metros de altitude é o ponto mais alto da ilha. Esta fase em altitude termina após passar o Pico do Areeiro e adiante, pelo Pico Pinheiro, ambos com lagoas no interior das suas crateras. Já do lado Norte, siga por uma mata onde poderá encontrar algumas espécies de flora endémica como a Urze (Erica azorica), o Azevinho (Ilex azorica) e o Cedro-do-mato (Juniperus brevifolia), até atingir a freguesia do Norte Pequeno. Neste local pode optar por fazer o PRC 06 SJO – Norte Pequeno ou prosseguir, cautelosamente ao longo da estrada até à Fajã dos Cubres. A etapa termina na fajã, junto à Ermida de Nossa Senhora de Lourdes. Neste ponto é possível fazer ligação com outros pontos da ilha através da próxima etapa da GR 01 SJO, que liga a Faja dos Cubres à Fajã dos Vimes, ou através do PR 01 SJO - Fajã dos Cubres/Caldeira do Santo Cristo/Serra do Topo.