Neste local foi fundado o primeiro hospital dos Açores, baseado em compromisso da Confraria do Santo Espírito, com data de 15 de março de 1492. A Misericórdia, que veio depois, associando-se à Confraria já existente, mandou construir o atual templo (séc. XVIII), onde se destacam frente a frente, os altares do Santo Cristo das Misericórdias, à direita, e o altar do Espírito Santo, à esqerda.
