A primeira igreja foi erigida na época em que criaram a freguesia, por volta de 1600, e destruída pela erupção do Cabeço do Fogo, em 1671/72. Foi reedificada logo de seguida, por ordem do capitão-mor, Jorge Goulart Pimentel, sendo a sua padroeira Santa Ana. A erupção do vulcão dos Capelinhos também causou alguns estragos nesta igreja.