A origem remonta a uma antiga ermida situada no mesmo local, mencionada por Gaspar Frutuoso em vários trechos da sua crónica. Após o terramoto de 1522, foi construída uma nova igreja, que se tornou a sede do curato. O primeiro vigário de São Pedro era Manuel Gonçalves, seguido por Manuel Fernandes, um benemérito que faleceu em 1633. Naquela época, a igreja de São Pedro possuía apenas um altar e, no final do século XVIII, já contava com um passal para o padre, embora este estivesse em estado de ruína.