Neste local nidificam diversas colónias de aves marinhas, nomeadamente de garajau-rosado (Sterna dougallii), garajau-comum (Sterna hirundo), frulho (Puffinus lherminieri), painho-da-madeira (Hydrobates castro), cagarro (Calonectris borealis) e gaivota-de-patas-amarelas (Larus michahellis atlantis). A população de gaivota no Ilhéu do Topo é uma das maiores do arquipélago podendo ser uma ameaça às restantes espécies pela predação direta de crias e adultos de pequenos procelariiformes, como é o caso do frulho e do painho-da-madeira.