Foi criado em 1977, mas só em 1989 foi instalado no local onde hoje funciona, na ala sul do antigo colégio dos Jesuítas. Classificado como museu regional, em 1991, no ano 2000 foi-lhe atribuído outro núcleo – Capelinhos -, que foi encerrado em 2008, para dar lugar ao Centro de Interpretação do Vulcão dos Capelinhos. O museu exibe uma coleção de trabalhos em miolo de figueira, como exposição permanente, e dispõe de outros espaços para organização de exposições temporárias.