O seu fundador e primeiro diretor foi o florentino João António Gomes Vieira, principal responsável pela conceção das coleções que o Museu detém atualmente e que se integram nas temáticas da tecelagem, lacticínios, agricultura, pecuária, pesca, baleação, navegação e arte sacra. Em 1986 integrou a Casa Pimentel de Mesquita, onde é instalada uma exposição dedicada à tecnologia da fiação do linho e da lã, para além do mobiliário dos séculos XVIII a XX. Esta casa museu funcionou até 2008, altura em passou a albergar a Biblioteca Municipal. A partir de 1993, o Museu passa a ter como sede o antigo Convento de São Boaventura, onde se mantém até aos dias de hoje.