O Pico da Vara, com a altitude de 1105 m, é o ponto mais alto da ilha de São Miguel e integra a designada Serra da Tronqueira, uma zona de relevos vigorosos intercalados por vales fluviais profundos e entalhados, onde correm ribeiras efémeras de regime torrencial (localmente designadas de “grotas”) e alguns cursos de água intermitentes.