Esta etapa faz a ligação entre a freguesia de Santo Amaro (costa sul) e a Fajã dos Cubres (costa norte), numa extensão de cerca de 30 km, atravessando as Áreas de Paisagem Protegida das Fajãs do Norte e de Gestão de Habitats ou Espécies do Pico da Esperança e Planalto Central e os geossítios da cordilheira vulcânica central e da Fajã dos Cubres. Como o percurso se desenvolve parcialmente pela cordilheira vulcânica central, entre os 800 e os 1000 m de altitude, é aconselhável percorrê-lo em dias de bom tempo e maior visibilidade. Saia da freguesia em direção à cordilheira vulcânica central da Ilha, atravessando alguns cones vulcânicos, até atingir a Reserva Florestal de Recreio das Macelas, onde é possível visitar o Miradouro do Canal, com vista para o Pico e o Faial. Siga a sinalética ao longo da estrada e alguns atalhos até atingir o painel do PR 04 SJO – Pico do Pedro/Fajã do Ouvidor. Daqui, irá passar por diversos picos desta cordilheira, como o Pico do Pedro, do Carvão, da Junça, Verde e o Morro Pelado. Mais à frente, irá passar o Pico da Esperança, com 1053 m de altitude – o ponto mais alto da Ilha. Esta fase em altitude termina após passar o Pico do Areeiro e, mais à frente, pelo Pico Pinheiro, ambos com lagoas no interior das suas crateras. Já do lado norte, siga por uma mata, onde poderá encontrar algumas espécies de flora endémica – como a urze (Erica azorica), o azevinho (Ilex azorica) e o cedro-do-mato (Juniperus brevifolia) –, até atingir a freguesia do Norte Pequeno. Neste local, pode optar por fazer o PRC 06 SJO – Norte Pequeno ou prosseguir, cautelosamente, ao longo da estrada até à Fajã dos Cubres. A etapa termina na fajã, junto à Ermida de Nossa Senhora de Lourdes. Neste ponto, é possível fazer ligação com outros pontos da Ilha, através da próxima etapa da GR 01 SJO, que liga a Fajã dos Cubres à Fajã dos Vimes, ou do PR 01 SJO – Fajã dos Cubres/Caldeira do Santo Cristo/Serra do Topo.